Расстановка гонщиков на старте подтвердила тенденцию дебютного Гран При – первый ряд вновь заняли пилоты McLaren, второй на этот раз поделили Михаэль Шумахер и Марк Уэббер. Стратегия и контроль износа шин должны были стать одними из ключевых факторов малайзийской гонки, но ещё более серьёзным фактором стала погода – перед стартом начался дождь, и командам пришлось оперативно менять свои планы.

FIA объявила об изменении климатических условий, механики смогли скорректировать настройки и сменить резину – большинство пилотов выбрали промежуточные шины.

На старте Хэмилтон сохранил преимущество поула, Шумахер и Грожан допустили контакт, потеряв несколькопозиций. Дождь усиливался, некоторые гонщики уже на первых кругах свернули в боксы за резиной длясильного дождя.

На четвёртом круге Грожан вылетел в гравий – вторая гонка подряд закончилась для него быстрым сходом.Состояние трассы ухудшалось, гонщики жаловались на аквапланирование, лидеры тоже сменили резину,на седьмом круге выехал автомобиль безопасности.

Первая десятка за автомобилем безопасности: Хэмилтон – Баттон – Перес – Уэббер – Алонсо – Феттель –Вернь (оставшийся на промежуточных шинах) – Масса – Росберг – Картикеян (сразу стартовавший надождевых). Виталий Петров занимал 19-ю позицию.

Дождь лил всё сильнее, и на 9-м круге гонку приостановили до улучшения условий.

Машины выстроились на стартовом поле, команды закрыли их "палатками". Пауза затянулась, лишь через 50минут гонка была продолжена за машиной безопасности – по регламенту все получили шины для сильного дождя.

Механики HRT, обслуживающие машину Педро де ла Росы, не смогли вовремя покинуть стартовое поле,гонщик был наказан штрафным проездом по пит-лейн.

Порядок гонщиков на рестарте: Хэмилтон – Баттон – Перес – Уэббер – Алонсо – Феттель – Вернь – Масса –Росберг – Картикеян – Хюлкенберг – ди Реста – Райкконен – Мальдонадо – Шумахер – Кобаяши – де ла Роса– Риккардо – Петров – Глок – Ковалайнен – Пик – Сенна.

Автомобиль безопасности покинул трассу на 14-м круге. Хэмилтон сохранил лидерство, многие сразу свернулив боксы за промежуточной резиной. В четвёртом повороте Феттель обогнал Уэббера.На 15-м круге Хэмилтон, Алонсо, Уэббер, Масса, ди Реста, Шумахер, Риккардо и Ковалайнен сменили резину.

В девятом повороте Баттон повредил переднее антикрыло в инциденте с Картикеяном (в реальном споре запозицию). На 16-м круге Перес, Феттель, Вернь и Хюлкенберг сменили резину, Баттон свернул в боксы дляремонта. Алонсо возглавил гонку.

Первая десятка на 17-м круге: Алонсо – Перес – Хэмилтон – Росберг – Феттель – Райкконен – Уэббер –Масса – ди Реста – Вернь.

Дождь прекратился, видимость улучшалась, на 20-м круге гонщики получили возможность использовать DRS.На 23-м круге Феттель опередил Росберга в борьбе за четвёртое место, кругом позже Нико обогнал Райкконен,а потом и Уэббер. Сенна опередил Шумахера в борьбе за 12-е место. Масса ошибся, уступив 9-ю позициюВерню, и скоро свернул в боксы, вновь получив комплект промежуточных шин. На 30-м круге Кобаяши опередилШумахера в пятом повороте, поднявшись на десятую строчку.

На 31-м круге Алонсо на семь секунд опережал Переса, но Серхио проехал несколько лучших кругов подряди сократил отставание до 0.8 секунды, когда Фернандо свернул в боксы.

На 38-м круге Риккардо первым перешёл на слики, Даниэль сразу поехал быстро, и соперники последовалиего примеру, но Перес остался на трассе и проехал следующий круг гораздо медленнее тех, кто уже получилслики. При обслуживании Хэмилтона в боксах McLaren возникла заминка, так что первая тройка осталасьпрежней.

Первая десятка на 43-м круге: Алонсо – Перес – Хэмилтон – Феттель – Уэббер – Райкконен – ди Реста – Сенна– Вернь – Хюлкенберг.Серхио бросился в погоню за Алонсо, ему вновь предстояло отыграть чуть больше семи секунд, но в этот деньмексиканец был быстрее и на влажной, и на сухой трассе. Фернандо взвинтил темп, гонщики проезжали круги в квалификационном режиме.

На 48-м круге на машине Феттеля после контакта с Картикеяном лопнула левая задняя шина, Себастьян свернул в боксы и смог вернуться на трассу.На 49-м круге Перес подобрался к Алонсо на дистанцию, позволяющую использовать DRS, но сначала

Серхио услышал по радио просьбу соблюдать осторожность, а потом допустил ошибку, вылетев с трассы в 14-м повороте.

На 55-м круге отказал двигатель на машине Мальдонадо, занимавшего десятую позицию – как и в Австралии,Пастор сошел с дистанции перед финишем. Команда попросила Феттеля остановить машину, чтобызафиксировать сход, но немец доехал до клетчатого флага.

Алонсо довёл гонку до победы – 28-й в карьере и первой в этом сезоне. Перес финишировал вторым,добившись лучшего результата в истории Sauber – Петер Заубер прослезился на командном мостике.Третьим финишировал Хэмилтон.

Лучшего результата в карьере добился и Бруно Сенна, первые очки заработал Жан-Эрик Вернь,Михаэль Шумахер принёс первое в сезоне очко Mercedes.